本館成立於2004年3月9日，建館宗旨為「嘉義人關心嘉義事」，作為嘉義市內唯一的市立博物館，扮演寓教於樂的重要角色，以嘉義市的自然科學、傳統工藝與人文為核心之地方文化館。

建館之初是由本市市民薛文吉先生捐贈畢生所藏化石而設立，當時的展示內容涵蓋嘉義的「地質、化石、美術」三大主題，完整呈現嘉義市自然景觀及人文藝術等文化特色。

因應時代與社會之發展及轉變，本館於2018年9月3日起閉館整修，並同步進行館所營運轉型計畫，重新思考博物館的定位，呼應最初建館宗旨並經過重新詮釋後提出新願景，以「嘉義人關心嘉義事、異鄉人探索嘉義市」為嘉博館新願景，並配合展示空間更新調整後，於2021年1月23日起重新開幕，以全新面貌回歸，轉型後的嘉博館自我期許希望能成為嘉義市的城市名片、城市的入口館。

嘉義市立博物館於2004年成立之初便是全國唯一以城市命名的綜合型博物館，介紹嘉義市在地的自然科學與人文藝術的重要場域，歷經逾15年的營運，為適時回應觀眾與社會潮流需求，本館於2021年重新定位為嘉義市的城市博物館，以「 嘉義市」 與「 嘉義市在地特色」為主軸，以嘉義市歷史為輔的定位取向，藉由推廣、展示、典藏、研究及行銷嘉義市在地文化與特色，冀望強化博物館的專業性，建立嘉義市立博物館永續經營機制，提升在地居民對嘉義市立博物館的地方認同感，成為一座嘉義人的博物館。

嘉義人關心嘉義事，異鄉人探索嘉義市

(一)在地文化保存
(二)在地知識建構
(三)在地文化學習
(四)提升地方認同
(五)彰顯市民榮耀

(一)以博物館思維建構嘉義市在地知識平台，藉由展示、典藏、教育、研究與公共服務，打造屬於嘉義市民的博物館，同時成為訪客認識嘉義市的窗口。
(二)妥善保存活用嘉義市的城市歷史文化與自然遺產，與多元民間組織、各級學校及異業等資源合作，促進文化近用與友善平權，以共同城市記憶提升市民認同與榮耀。